Veo que también tienes un pequeño problema con el setTimeout, ya que has puesto unos paréntesis.
No es setTimeout(closeVentana(),2000), si no setTimeout(closeVentana,2000);
Prueba este código:
var my_window;
function demo()
{
my_window = window.open("
http://www.google.com","mywindow","status=1,width=350,height=150");
setTimeout(closeVentana,2000);
}
function closeVentana()
{
my_window.close();
}