Buenas,
como te comenta garusis el problema es que tenías dentro del bucle la línea que imprimía por pantalla.
No se si estás practicando o necesitas usar los arreglos para algo más, pero por informarte que sepas que existe una clase de utilidades en Java para el manejo de arreglos.
http://download.oracle.com/docs/cd/E17476_01/javase/1.4.2/docs/api/java/util/Arrays.html
Y ya trae unos métodos para la búsqueda optimizados, un ejemplo de lo que tu quieres hacer hecho con esta clase de utilidades:
import java.util.Arrays;
class Prueba {
/**
* @param args
*/
public static void main(String[] args) {
int[] listaEnteros = {1,5, 7, 28, 49, 88, 100, 150, 336, 500};
Arrays.sort(listaEnteros);
System.out.println(Arrays.binarySearch(listaEnteros, 88));
}
}