Para empezar, el primer problema que tienes es que estas usando "this" para hacer la comparacion...
cambia if (this.CodigoCliente.equals(Cod))
por if (CodigoCliente.equals(Cod))
la cuestion es que la clase en la que estas implementando el metodo tiene un atributo con el nombre CodigoCliente, que es el mismo nombre del parametro que recibe el metodo... asi que al hacer "this.CodigoCliente" estas comparando Cod con el atributo de la clase y no con el parametro del metodo... aun asi, pueden existir otros problemas, que creo que surgiran por que no estas usando orientacion a objetos, ya que el metodo public int ExisteCliente(String CodigoCliente) no deberia estar en la clase Cliente...