Buenas,
El error es esta línea:
if (CodActual.compareTo(Partes[2]) == 0)
Porque al hacer el split de la linea del fichero, no tiene 3 posiciones y el array resultante no tiene tamaño 3, sino que es menor y al hacer Partes[2] te da el OutOfBoundsException
Partes = Linea.split(",");